Najpierw ścieki przechodzą przez oczyszczanie wstępne. Substancje stałe opadają na dno, substancje lekkie wypływają na powierzchnię

Wstępnie oczyszczona woda przechodzi do komory osadu czynnego.

Ścieki poddawane są krótkim uderzeniowym fazom napowietrzania. To krótkie napowietrzanie powoduje, że do ścieków dostaje się tlen – następuje częściowa denitryfikacja. Ta faza oczyszczania trwa ok. sześciu godzin. Podczas tej fazy następuje oczyszczanie przez mikroorganizmy.

Następnie ma miejsce faza osadzania, która trwa ok. 2 godzin

W górnej części zbiera się czysta woda, która zostaje odpompowana. Cykl kończy się po 8 godzinach. Jeśli w ciągu minionych ośmiu godzin zbiorą się nowe ścieki w pierwszym zbiorniku, cykl zaczyna się od nowa. Jeśli nie napłyną nowe ścieki lub napłynie ich niewielka ilość do pierwszego zbiornika, urządzenie INNO-CLEANprzełącza się na tryb oszczędzania energii.

Nadmiar osadu czynnego jest odprowadzany do osadnika.